En juin 1994, l’ESAIDARM, le prédécesseur du MEFMI, a été mis en place avec un don de l’ACBF de 2 millions $ US pour un période d’essai de 2,5 ans. En novembre 1996, le Conseil d’administration de l’ACBF a approuvé un don de 3,268 millions $ US au MEFMI en soutien de son programme de renforcement des capacités pour la gestion macroéconomique et financière dans les 10 pays membres. En mai 2002, le Conseil d’administration de l’ACBF a approuvé un don de 2,5 millions $ US, pour permettre à l’Institut de consolider ses résultats obtenus pendant la phase initiale et continuer à renforcer les capacités humaines et institutionnelles des États membres, afin d’assurer une gestion efficace et effective des finances publiques et la stabilité et la compétitivité du secteur financier. Le MEFMI est devenu la première institution de formation continue sur les fonctions de gestion macroéconomique et financière clefs, fournissant des services de conseil technique pour la gestion de la dette et les opérations des banques centrales d’Afrique orientale et australe. En décembre 2006, le Conseil d’administration a approuvé un don de 2 millions $ US au MEFMI Phase III. Le 28mai 2014, l’ACBF et le MEFMI ont signé un accord de don de 1,2 million $ US pour la Phase IV.
Le MEFMI se concentre sur le renforcement des capacités dans des domaines clefs identifiés pour les ministères de finances, les commissions de planification des banques centrales ou les institutions équivalentes dans le but de renforcer durablement les capacités humaines et institutionnelles dans les domaines critiques de la gestion macroéconomique et financière, ainsi qu’encourager les bonnes pratiques dans les institutions connexes. Le don pour la phase IV va servir à soutenir trois secteurs clefs : les politiques de gestion macroéconomique, la promotion et l’augmentation de la stabilité financière dans les pays membres du MEFMI. Les principaux pays bénéficiaires du don sont : l’Angola, le Mozambique, la Namibie, le Rwanda, le Zimbabwe, le Kenya, le Botswana et le Swaziland.